سیره اخلاقی
شهید مصطفی خمینی در برخوردهای اجتماعی و مسایل سیاسی بسیار عمیق قاطع و دقیق بود، و در موارد اصولی و ارزشی تقید وافری داشت و به هیچ وجه مماشات، تساهل و تسامح را روا نمی داشت. او مصداق آیه شریفه: «اشداء علی الکفار رحماء بینهم » بود; نسبت به علاقه مندان و حامیان نهضت اسلامی و حضرت امام صمیمیت، عطوفت و رافت توام با فروتنی از خود بروز می داد. حجة الاسلام والمسلمین دعائی می گوید: در اولین برخورد با ایشان هنگامی که به عنوان طلبه ای مبارز از کرمان وارد قم شدم، حاج سید مصطفی بدون صحبت با نگاه نافذ و چهره متبسم خود نشان داد که قدردان و مشوق یک فرزند مبارز است. دستم را به گرمی فشرد و از همان لحظه اول که این شیوه برخورد را دیدم با آنکه هنوز امام را مشاهده نکرده بودم، توانستم به عظمت و صالت خانواده ای، پی ببرم که چنین فرزندانی را پرورش داده است. » ولی همین بزرگوار که با دوستان چنین رئوفانه و محبت آمیز رفتار می کرد، در برابر اشخاص مرتبط با هیات حاکمه ایران و مخالفان قیام اسلامی و کسانی که نسبت به مسایل ارزشی و بنیادی اسلام متعهد و مقید نبودند، به شدت واکنش منفی و نفرت آلود نشان می داد و حاضر نبود حتی یک لحظه با آنان نشست و برخاست و معاشرت داشته باشد.